まず、石垣島へ
石垣島は基本的に飛行機でアクセスできます。
沖縄本島の那覇空港から毎日数便飛んでいるほか、東京羽田空港と大阪伊丹空港にも結んでいます。
東京からの飛行時間が2時間50分ぐらいで、国内線としては結構長いです。
石垣島へ行くとき、是非飛行機の窓側を確保してください。空から飛行機が通る島々とサンゴ礁をきれいに見下ろすことができます！
新石垣空港では主要レンタカー会社の営業所があり、公共交通の少ない本数などを考えると、間違いなくレンタカーが一番いいチョイスでしょう。
車が難しい方は、時刻表などをご確認の上、バスも使いやすいです。空港と市内を結ぶ路線バスは1時間に2本ぐらい出ています。
1日券もあり、さらに5日間有効の「みちくさパス」があります。
離島へ
離島へ行くときは石垣港のフェリー乗り場から各会社の船が出ています。
安栄観光（あんえいかんこう）という会社はほとんどの島々への船を出していて、
主なルートの料金と時間は書きのＵＲＬで確認できます： http://www.aneikankou.co.jp/water_routes
与那国島に関しては、距離が長いから小さな飛行機で移動したほうがおススメです！
4時間半をかけるフェリー（会社名：福山海運、ふくやまかいうん）もありますが、海の状況により欠航になることもありますので注意してください。